某個夏日的清晨，發生了一件巫女必須動身進行異變調查的事件。雨下個不停的魔法之森，濃霧的洋館降雪的夏日，被陽光籠罩的神社……異常的氣象襲擊了這個夏日。
但是，讓巫女有所行動的行動的並不是那些事情。要問為什麼，那是因為她的雙眼只盯着那乾燥的神社而已。因為在她眼中那只是一片下雨的森林罷了。因為在她眼中那只是一片陰沉的湖泊罷了。
一個隱藏在幻想鄉天雲山的一個神社的戰士，他的神社有一把劍的存在，使神社和管理的城市無法受到異常天氣和地震的影響，當城市的人提起這個事件的時候，戰士選擇了協助巫女去解決異變。